Dzelzceļa «Rail Baltica» projekta izmaksas pēc otrā posma pabeigšanas, visticamāk, pārsniegs 23,8 miljardus eiro, tā ziņojumā secinājusi Eiropas Revīzijas palāta. Salīdzinājumam – 2017. gadā tika lēsts, ka projekts kopumā izmaksās 5,8 miljardus eiro. Galvenie konstatētie sadārdzinājuma iemesli ir iepriekšējo aplēšu gatavības un detalizācijas trūkums, kā arī izmaiņas projekta tvērumā un struktūrā. Arī jaunā aplēse varētu nebūt pilnībā precīza, jo tikai par vienu trešdaļu no kopējā dzelzceļa līnijas attāluma ir sagatavoti projektēšanas pētījumi. Attiecībā uz projekta grafiku dalībvalstis nolēmušas to sadalīt divos posmos. Pirmajā posmā līdz 2030. gadam ir jāpabeidz viena sliežu ceļa dzelzceļš, bet otrajā posmā jāpabeidz viss projekts, taču tam nav noteikts grafiks. Tātad arī kavēšanās ar projekta pabeigšanu nav aprēķināma.